對于類似從給定的文本中，查找其中最長的重復子字符串的問題，可以采用“后綴數組”來高效地完成此任務。后綴數組使用文本本身和n個附加指針（與文本數組相應的指針數組）來表示輸入文本中的n個字符的每個子字符串。
首先,如果輸入字符串存儲在c[0..n-1]中，那么就可以使用類似于下面的代碼比較每對子字符串：
maxlen = -1
for i = [0, n)
for j = (i, n)
if (thislen = comlen(&c[i], &c[j])) > maxlen
maxlen = thislen
maxi = i
maxj = j
當作為comlen函數參數的兩個字符串長度相等時，該函數便返回這個長度值，從第一個字符開始：
int comlen(char *p, char* q)
i = 0
while *p && (*p++ = *q++)
i++
return i
由于該算法查看所有的字符串對，所以它的時間和n的平方成正比。下面便是使用“后綴數組”的解決辦法。
如果程序至多可以處理MAXN個字符，這些字符被存儲在數組c中：
#define MAXN 5000000
char c[MAXN], *a[MAXN];
在讀取輸入時，首先初始化a,這樣，每個元素就都指向輸入字符串中的相應字符：
while (ch = getchar()) != EOF
a[n] = &c[n];
c[n++] = ch;
c[n] = 0 //將數組c中的最后一個元素設為空字符，以終止所有字符串。
這樣，元素a[0]指向整個字符串，下一個元素指向以第二個字符開始的數組的后綴，等等。如若輸入字符串為"banana",該數組將表示這些后綴：
a[0]:banana
a[1]:anana
a[2]:nana
a[3]:ana
a[4]:na
a[5]:a
由于數組a中的指針分別指向字符串中的每個后綴，所以將數組a命名為"后綴數組"
第二，對后綴數組進行快速排序，以將后綴相近的（變位詞）子串集中在一起
qsort(a, n, sizeof(char*), pstrcmp)后
a[0]:a
a[1]:ana
a[2]:anana
a[3]:banana
a[4]:na
a[5]:nana
第三，使用以下comlen函數對數組進行掃描比較鄰接元素，以找出最長重復的字符串：
for i = [0, n)
if comlen(a[i], a[i+1]) > maxlen
maxlen = comlen(a[i], a[i+1])
maxi = i
printf("%.*s/n", maxlen, a[maxi])
由于少了內層循環，只是多了一次排序，因此該算法的運行時間為O(n logn).
完整代碼如下：
1 #include <stdio.h>
2 #include <stdlib.h>
3 #include <string.h>
4
5 #define MAXCHAR 5000 //最長處理5000個字符
6
7 char c[MAXCHAR], *a[MAXCHAR];
8
9 int comlen( char *p, char *q )
10 {
11 int i = 0;
12 while( *p && (*p++ == *q++) )
13 ++i;
14 return i;
15 }
16
17 int pstrcmp( const void *p1, const void *p2 )
18 {
19 return strcmp( *(char* const *)p1, *(char* const*)p2 );
20 }
21
22 int main( )
23 {
24 char ch;
25 int n=0;
26 int i, temp;
27 int maxlen=0, maxi=0;
28 printf("Please input your string:\n");
29 while( (ch=getchar())!='\n' )
30 {
31 a[n]=&c[n];
32 c[n++]=ch;
33 }
34 c[n]='\0';
35 qsort( a, n, sizeof(char*), pstrcmp );
36 for(i=0; i<n-1; ++i )
37 {
38 temp=comlen( a[i], a[i+1] );
39 if( temp>maxlen )
40 {
41 maxlen=temp;
42 maxi=i;
43 }
44 }
45 printf("%.*s\n",maxlen, a[maxi]);
46 system("PAUSE");
47 return 0;
48 }