歷史地看，中西醫的產生與發展過程有著本質的不同，這種差異導致了這兩種醫學的認識論與方法論的根本性區別。
中醫理論是從人對自身乃至宇宙萬物的生命及其能量流動的深刻體驗出發的，中醫治病的原理就是調整人身的能量動態使之歸于平衡的常態，中醫的一切理論都是
圍繞這種能量狀態的消長變化展開的，理法方藥莫不如此。如果偏離了這種觀察思考的角度，處方用藥必將變得毫無方向。所以中醫學是以理論為第一要義的，經驗
只是在理論指導下的實踐的積累。離開了中醫的基本理論，即使用中藥治病，也只能是簡單的經驗醫學，不能歸入中醫純粹的辨證施治體系了。
西醫是隨著解剖學與化學的發展產生并發展起來的，由于起點遠離了直接的生命體驗，導致了其認識論與方法論的機械主義傾向。一般來說，西醫是把人體當作一
部機器對待的，西醫的治療方法除了作用于諸大系統的內科化學療法外，外科的方法更像是木匠或裁縫工作。這樣就忽略了作為一個生命體的個人的生命力的能量存
在狀態，及其作用于人的直接或即發性病理狀態。由于其認識論與方法論的局限，導致了西醫治療學體系的重大缺陷——無法正確診斷能量狀態的非常態客觀存在。
常見的現實如：病人能夠很明顯地感覺得到自身的某種不適癥狀，但經過西醫病理檢查，卻被告知沒有病，于是，對于病人來說很現實的客觀癥狀就被歪曲成了一種
主觀錯覺。還有諸如手術后病人已經死亡，卻得出了手術非常成功的荒謬結論，等等。
這些現象從本質上來說都是由于其認識論與方法論的先天缺陷造成的，中醫的認識論與方法論的客觀實在性與可驗證性，證實了中醫理論針對疾病治療的正確性的
同時，也從客觀上彌補了西醫方法論上的這種先天不足。可惜絕大多數自以為很了解西醫很相信科學的明白人并不能清醒地認識到這一點，他們熟視無睹或有意回避
其局限性，科學在他們的頭腦中已經圖騰為一種拜物教似的迷信。
中醫治病是以十全（100%)為最終目的的，但由于客觀因素的局限，能夠達到十全的上工寥寥無幾。西醫是以十全六七(60%-70%)為目的的，只要整體上達到這樣的有效率就算成功。
中醫自古就是以個體行醫的，治療對象也是個體，不會等到湊全人數才開始治療。西醫是以群體行醫，治療是分組進行的，實際上同時是在拿患者作實驗。中醫的標準是上工，真正達標的醫生很少。西醫是以下工為標準，只要能夠與整體相應就算合格。
中醫是在進行治療，西醫是在進行實驗。因為大多數中醫不能真正代表中醫，所以中西醫之間其實一直沒有機會進行真正的整體比較。個案相比，西醫明顯不敵，治療結果相差懸殊。整體對比，中醫又似乎處于劣勢，統計結果無法驗證。
從經營上看，中醫是個體經營，西醫是集體經營。中醫是小農生產方式，西醫是工業生產方式。兩者的結果表現在規模與效果上（如所造成的污染）存在差異，
兩種結果的區別在于，前種方式更能夠對作為個體的患者有利，后種方式更能夠對作為集體的醫生有利。所以，從治療的效果看，中醫是勝利者，而從經營的結果上
看，西醫是勝利者。其區別的本質表現在目的性上是，一個是以服務為根本目的，一個是以盈利為根本目的。一個是福利性質的，一個是商業性質的（至少目前在國
內是這樣表現的）。
但這些其實還不是最根本的區別，二者最根本的區別在于，真正能代表兩種醫學的治療結果（權威的水平）的療效的性質，即標本的差別，也即預后的情況。是
真正的治愈了，還是只是掩蓋一時，比如激素的短期效果與后期副作用。這種區別才是兩種醫學理論所指導下的醫學實踐的本質區別，而不是人為造成的錯誤之間的
區別。
注：所謂權威的水平，指的是醫術，而非資格或資歷。當然，作為整體運作的西醫之間的個體差異是不大的，就像機器的零部件一樣，只存在合格與不合格的差別，是不太分別精品和次品的。