Doxygen是基于GPL的開源項目，是一個非常優秀的文檔系統，當前支持在大多數unix（包括linux），windows家族，Mac系統上運行，完全支持C++, C, Java, IDL（Corba和Microsoft 家族）語言，部分支持PHP和C#語言，輸出格式包括HTML、latex、RTF、ps、PDF、壓縮的HTML和unix manpage。有很多開源項目（包括前兩篇文章介紹的log4cpp和CppUnit）都使用了doxygen文檔系統。而國內的開發人員卻使用的不多，這里從開發人員使用的角度介紹這個工具，使開發人員用最少的代價盡快掌握這種技術，并結合這個工具探討如何撰寫注釋的問題。以下以linux下的C+ +語言為例進行介紹，以下討論基于doxygen1.3.3。
1. doxygen使用步驟
由于只是工具的使用，這里不介紹它的原理，直接從使用步驟開始。Doxygen的使用步驟非常簡單。主要可以分為：
1）第一次使用需要安裝doxygen的程序
2）生成doxygen配置文件
3）編碼時，按照某種格式編寫注釋
4）生成對應文檔
doxygen的安裝非常簡單， linux下可以直接下載安裝包運行即可，下載源代碼編譯安裝也是比較通用的編譯安裝命令。請參考其安裝文檔完成安裝。
Doxygen在生成文檔時可以定義項目屬性以及文檔生成過程中的很多選項，使用下面命令能夠產生一個缺省的配置文件：
doxygen -g [配置文件名]
可以根據項目的具體需求修改配置文件中對應的項，具體的修改過程在下面介紹。修改過的配置文件可以作為以后項目的模板。
讓doxygen自動產生文檔，平常的注釋風格可不行，需要遵循doxygen自己的格式。具體如何寫doxygen認識的注釋在第3節詳細介紹。
OK，代碼編完了，注釋也按照格式寫好了，最后的文檔是如何的哪？非常簡單，運行下面的命令，相應的文檔就會產生在指定的目錄中。
doxygen [配置文件名]
需要注意的是doxygen并不處理所有的注釋，doxygen重點關注與程序結構有關的注釋，比如：文件、類、結構、函數、變量、宏等注釋，而忽略函數內變量、代碼等的注釋。
2. doxygen配置文件
doxygen配置文件的格式是也是通常的unix下配置文件的格式：注釋'#'開始；tag = value [,value2…]；對于多值的情況可以使用 tag += value [,value2…]。
對doxygen的配置文件的修改分為兩類：一種就是輸出選項，控制如何解釋源代碼、如何輸出；一種就是項目相關的信息，比如項目名稱、源代碼目錄、輸出文檔目錄等。對于第一種設置好后，通常所有項目可以共用一份配置，而后一種是每個項目必須設置的。下面選擇重要的，有可能需要修改的選項進行解釋說明，其他選項在配置文件都有詳細解釋。
TAG 缺省值 含義
PROJECT_NAME 項目名稱
PROJECT_NUMBER 可以理解為版本信息
OUTPUT_DIRECTORY 輸出文件到的目錄，相對目錄（doxygen運行目錄）或者絕對目錄
INPUT 代碼文件或者代碼所在目錄，使用空格分割
FILE_PATTERNS *.c *.cc *.cxx *.cpp *.c++ *.java *.ii *.ixx *.ipp *.i++ *.inl *.h *.hh *.hxx *.hpp *.h++ *.idl *.odl 指定INPUT的目錄中特定文件，如：*.cpp *.c *.h
RECURSIVE NO 是否遞歸INPUT中目錄的子目錄
EXCLUDE 在INPUT目錄中需要忽略的子目錄
EXCLUDE_PATTERNS 明確指定的在INPUT目錄中需要忽略的文件，如：FromOut*.cpp
OUTPUT_LANGUAGE English 生成文檔的語言，當前支持2、30種語言，國內用戶可以設置為Chinese
USE_WINDOWS_ENCODING YES（win版本）
NO（unix版本） 編碼格式，默認即可。
EXTRACT_ALL NO 為NO，只解釋有doxygen格式注釋的代碼；為YES，解析所有代碼，即使沒有注釋。類的私有成員和所有的靜態項由EXTRACT_PRIVATE和 EXTRACT_STATIC控制
EXTRACT_PRIVATE NO 是否解析類的私有成員
EXTRACT_STATIC NO 是否解析靜態項
EXTRACT_LOCAL_CLASSES YES 是否解析源文件（cpp文件）中定義的類
SOURCE_BROWSER NO 如果為YES，源代碼文件會被包含在文檔中
INLINE_SOURCES NO 如果為YES，函數和類的實現代碼被包含在文檔中
ALPHABETICAL_INDEX NO 生成一個字母序的列表，有很多類、結構等項時建議設為YES
GENERATE_HTML YES 是否生成HTML格式文檔
GENERATE_HTMLHELP NO 是否生成壓縮HTML格式文檔（.chm）
GENERATE_LATEX YES 是否乘車latex格式的文檔
GENERATE_RTF NO 是否生成RTF格式的文檔
GENERATE_MAN NO 是否生成man格式文檔
GENERATE_XML NO 是否生成XML格式文檔
3. doxygen注釋
3.1 注釋風格
下面是工作量最大部分，安裝doxygen格式寫注釋。通常代碼可以附上一個注釋塊來對代碼進行解釋，一個注釋塊由一行或者多行組成。通常一個注釋塊包括一個簡要說明（brief）和一個詳細說明（detailed），這兩部分都是可選的。可以有多種方式標識出doxygen可識別的注釋塊。
1）JavaDoc類型的多行注釋。
/**
* ….text….
*/
2）QT樣式的多行注釋。
/*!
….text….
*/
3） /// …text….
4） //! …text….
簡要說明有多種方式標識，這里推薦使用@brief命令強制說明，例如：
/**
* @brief [some brief description ]
* [ brief description more. ]
*
* [some more detailed description…]
*/
以上這些注釋格式用來對緊跟其后的代碼進行注釋。doxygen也允許把注釋放到代碼后面，具體格式是放一個'<'到注釋開始部分。例如：
int var1 ; /**< ….text…. */
int var2; ///< ….text….
注釋和代碼完全分離，放在其他地方也是允許的，但需要使用特殊的命令加上名稱或者聲明進行標識，比如：class、struct、union、 enum、fn、var、def、file、namespace、package、interface（這些也就是doxygen關注的注釋類型）。這里不推薦使用，建議注釋盡量放在代碼前后。具體使用方式參見doxygen手冊。
3.2 doxygen常用注釋格式
通常的選擇上面的一、兩種注釋風格，遇到頭文件中各種類型定義，關鍵變量、宏的定義，在其前或者后使用 @brief 定義其簡要說明，空一行后繼續寫其詳細的注釋即可。
對函數的注釋，是比較常常需要注釋的部分。除了定義其簡要說明以及詳細注釋，還可以使用param命令對其各個參數進行注釋，使用return命令對返回值進行注釋。常見的格式如下：
/**
*@brief func's brief comment.
*
* Some detailed comment.
*@param a [param a 's comment.]
*@param b [param b 's comment.]
*@exception std::out_of_range [exception's comment.]
*@return [return's comment.]
*/
int func1(int a, int b);
進行設計時，通常有模塊的概念，一個模塊可能有多個類或者函數組成，完成某個特定功能的代碼的集合。如何對這個概念進行注釋？doxygen提供了group的概念，生成的模塊的注釋會單獨放在一個模塊的頁面中。使用下面的格式定義一個group。
/** [group_name] [brief group description ]
* detailed group description ]
* @{
*/
code
/** @} */
group中的代碼可以有自己的注釋。單純定義一個模塊，去除{ 和}命令即可。任何其他代碼項（比如類、函數、甚至文件）如果要加入到某個模塊，可以在其doxygen注釋中使用ingroup命令即可。Group之間使用ingroup命令，可以組成樹狀關系。
/** @file util.cpp
* @ingroup [group_name]
* @brief file's brief info.
*/
把多個代碼項一起添加到某個模塊中可以使用addtogroup命令，格式和defgroup相似。
對于某幾個功能類似的代碼項（比如類、函數、變量）等，如果希望一起添加注釋，而又不想提升到模塊的概念，可以通過下面的方式：
//@{
/** Comments for all below code. */
code…
//@}
對這種組進行命名可以使用name命令。此時中間代碼可以有自己的注釋。如：
/** @name group_name
* description for group.
*/
//@{
code…
//@}
3.3 doxygen常用注釋命令
doxygen通過注釋命令識別注釋中需要特殊處理的注釋，比如函數的參數、返回值進行突出顯示。上面也提到了一些注釋命令（如：brief、param、return、以及group相關的命令），下面對其他一些常用的注釋命令進行解釋說明。
@exception <exception-object> {exception description} 對一個異常對象進行注釋。
@warning {warning message } 一些需要注意的事情
@todo { things to be done } 對將要做的事情進行注釋
@see {comment with reference to other items } 一段包含其他部分引用的注釋，中間包含對其他代碼項的名稱，自動產生對其的引用鏈接。
@relates <name> 通常用做把非成員函數的注釋文檔包含在類的說明文檔中。
@since {text} 通常用來說明從什么版本、時間寫此部分代碼。
@deprecated
@pre { description of the precondition } 用來說明代碼項的前提條件。
@post { description of the postcondition } 用來說明代碼項之后的使用條件。
@code 在注釋中開始說明一段代碼，直到@endcode命令。
@endcode 注釋中代碼段的結束。
到此為止，常用的doxygen的注釋格式討論完畢，我們能夠按照一定的格式撰寫doxygen認識的注釋，并能夠使用doxygen方便快捷的生成對應的文檔，不過注釋中應該寫些什么，如何撰寫有效的注釋可能是困擾開發人員的一個更深層次的問題。
4. 注釋的書寫
注釋應該怎么寫，寫多還是寫少。過多的注釋甚至會干擾對代碼的閱讀。寫注釋的一個總的原則就是注釋應該盡量用來表明作者的意圖，至少也應該是對一部分代碼的總結，而不應該是對代碼的重復或者解釋。對代碼的重復或者解釋的代碼，看代碼可能更容易理解。反映作者意圖的注釋解釋代碼的目的，從解決問題的層次上進行注釋，而代碼總結性注釋則是從問題的解答的層次上進行注釋。
推薦的寫注釋的過程是首先使用注釋勾勒出代碼的主要框架，然后根據注釋撰寫相應的代碼。對各種主要的數據結構、輸出的函數、多個函數公用的變量進行詳細地注釋。對代碼中控制結構，單一目的的語句集進行注釋。下面是一些寫注釋時需要注意的要點：
避免對單獨語句進行注釋；
通過注釋解釋為什么這么做、或者要做什么，使代碼的讀者可以只閱讀注釋理解代碼；
對讀者可能會有疑問的地方進行注釋；
對數據定義進行注釋，而不是對其使用過程進行注釋；
對于難于理解的代碼，進行改寫，而不要試圖通過注釋加以說明；
對關鍵的控制結構進行注釋；
對數據和函數的邊界、使用前提等進行注釋；
5. 參考資料
1. doxygen homepage
http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/
2. doxygen manual
http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/manual.html
3. Code Complete: A Practical Handbook of Software Construction. Redmond, Wa.: Microsoft Press, 880 pages, 1993. ISBN: 1-55615-484-4.
4. 簡介doxygen
http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/doxygen_intro_cn.html
5. 10 Minutes to document your code
http://www.codeproject.com/tips/doxysetup.asp
6. 使用doxygen
http://www.csdn.net/Develop/article/16%5C16383.shtm