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什么時候需要對二進制文件進行管理是很明顯的：你通常使用的是二進制文件，把它們放到版本控制時，要注意的一些額外的問題。

版本控制的一個基本功能是顯示兩個修訂版之間的差異。例如，如果某人檢入了一個文件的新版本， 也許你想看看這個版本有什么變化并想確定這些改變的好壞。對于文本文件 cvs 是通過 cvs diff 命令來提供該功能。對于二進制文件，一種可能的做法是：首先抽取這兩的修訂版本，然后使用 cvs 外部工具（例如，字處理軟件通常都具有這樣的功能）來比較它們。如果沒有這樣的工具，那么必須通過其他的機制來跟蹤改變，例如督促人們認真記錄日志信息，并希望他們實際所作的改動就是他們想要改的。

版本控制系統的另一個功能是合并兩個修訂版。對于 cvs，兩種環境下發生這種情況。一是用戶所作的改變是在不同的工作目錄下(參閱 Multiple developers)。第二是是某人用 `update -j' 命令顯式合并時(參閱 Branching and merging)。

對于文本文件，cvs 可以獨立地合并，如果有沖突還可以給出沖突信號。而對于二進制文件，cvs 的最好做法是提供兩個文件的不同副本，讓用戶自己解決沖突。用戶可以任選其中一個副本，或者通過能處理該格式文件的合并工具來解決這個問題。注意，讓用戶解決合并，主要靠用戶不會偶然忽略一些改變，因此會有潛在的錯誤發生。

如果不喜歡上述處理方式的話，最好的解決辦法是避免合并。如何避免由于不同的工作目錄引起的合并，參見 Multiple developers 里關于保留的檢出方法（文件加鎖）的討論。為了避免由于分支引起的合并，還要限制使用分支。